財政部臺北國稅局說明,所得基本稅額條例立法目的在維護租稅公平,使適用租稅減免規定而繳納較低稅負或完全免稅之營利事業或個人,能繳納最基本稅額之稅制。營利事業如有所得稅法第4條之1及第4條之2規定停徵所得稅之證券及期貨交易所得、合於獎勵規定之各項免稅所得、國際金融(含證券、保險)業務分行免稅所得、其他經財政部公告之減免所得稅之所得額及不計入所得稅之所得額,應依所得基本稅額條例相關規定計算營利事業之基本稅額。
該局舉例,甲公司辦理106年度營利事業所得稅結算申報,課稅所得額雖為0元,惟當年度有出售乙公司股票所產生之證券交易所得4,460萬元,甲公司於辦理結算申報時,雖一併計算、申報基本所得額及基本稅額,惟漏未申報該筆證券交易所得,致短漏報基本所得額及短漏基本稅額,違反所得基本稅額條例之規定,經該局查獲,除予以補徵稅額外,並依該條例第15條第1項規定,按所漏稅額處2倍以下罰鍰。